Project SettingsのDefault Screen Width/Default Screen Heightを変更しても、画面サイズが変らないという場合はレジストリに以前の設定が残っている場合があるみたいです。

具体的には、レジストリComputer\HKEY_CURRENT_USER\Software\<Company Name>\<Product Name>\の

• Screenmanager Resolution Width_
• Screenmanager Resolution Height_
• Screenmanager Fullscreen mode_

から始まるキーを削除すれば、変更後のサイズで実行されるようになるみたいです。

※<Company Name>と<Product Name>はProject Settingsで設定したCompany NameとProduct Nameに読み替えてください。

ご注意

レジストリ操作を誤るとPCが起動しなくなってしまうなどの障害が発生する可能性があります。レジストリ操作を行う場合は必ずバックアップを作成の上、自己責任において実行してください。

リンク

Default Screen Dimensions Being Ignored After Build – Unity Forum
https://forum.unity.com/threads/default-screen-dimensions-being-ignored-after-build.500178/