Linuxのコマンドpdfseparateとpdfuniteを使ってPDFの分割と結合ができます。

PDFの分割

input.pdfを1ページずつに分割してoutput1.pdf、output2.pdfを作成

$ pdfseparate input.pdf output%d.pdf

PDFを結合

input1.pdf、input2.pdf、input3.pdfを結合したoutput.pdfを作成

$ pdfunite input1.pdf input2.pdf input3.pdf output.pdf