Raycastを使ってGameObjectの選択をしているプログラムで、UIとGameObjectが重なっている場合に使える方法。

using UnityEngine.EventSystems

EventSystem.current.IsPointerOverGameObject()

リンク

How to make UI block raycats (mobile) | Unity Community
http://forum.unity3d.com/threads/how-to-make-ui-block-raycats-mobile.271978/