WindowsでEmacsやddskkを使うのはいろいろと面倒なイメージでしたが、実は簡単でした。以下、参考までに手順をまとめておきます。

Emacsのインストール

EmacsのWindows用バイナリは下記サイトで配布されています。

Index of /pub/GNU/emacs/windows
http://ftp.jaist.ac.jp/pub/GNU/emacs/windows/

適当なファイルをダウンロードして、ZIPファイルを展開します。

以上で、インストール完了です。

bin\runemacs.exe

を実行すると、Emacsが起動します。

ddskkのインストール

Emacsは簡単に利用できますが、残念ながらそのままでは日本語入力ができません。

そこで、ddskkをインストールします。

Index of /archives/elisp/skk/maintrunk
http://www.ring.gr.jp/archives/elisp/skk/maintrunk/

適当なファイルをダウンロードして、TARファイルを展開します。

追記：ZIPファイルでダウンロードしたい場合はGitHubからダウンロードできます。

GitHub – skk-dev/ddskk: Daredevil SKK (Simple Kana to Kanji conversion program)
https://github.com/skk-dev/ddskk

インストール手順

1. Emacsを起動します。
2. M-x diredとタイプします。
3. 先ほど展開したddskkのパスを指定します。
4. SKK-MKにカーソルを合わせて、L（大文字）と入力します。
5. Load SKK-MKにyと答えます。
6. 後はウィザードに従って質問に答えます。
   （基本的にデフォルトのままで問題ありません。）

Emacsを再起動するとddskkが動きます。

M-x skk-mode

後は必要に応じて.emacsを編集してください。