CreateProcessを使うと別のアプリケーションを実行することができます。

CreateProcess 関数
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc429066.aspx

コマンドラインアプリケーションの場合にコマンドプロンプトを非表示にするには、SW_HIDEを使うようです。

CreateProcessからプロンプトを非表示 – takoashiの開発記録
http://d.hatena.ne.jp/takoashi_net/20090305/1236239906