Templateにしたいsvgファイルをdefault.svgなどのファイル名に変更して下記の場所にコピーすると、デフォルトのTemplateが更新されるようです。

Linux

$HOME/.config/inkscape/templates

Windows

%APPDATA%\inkscape\templates

リンク

Draw Freely | Inkscape
https://inkscape.org/en/