-osdlevelのオプションでタイムコードを表示できるようです。

使い方

$ mplayer -osdlevel 2 sample.mp4

もしくは

$ mplayer -osdlevel 3 sample.mp4

再生中にキーボードからoキーの入力でもタイムコードの表示・非表示を切り替えることができます。