Pythonでディレクトリを再帰的にスキャンしてファイルを取得したい場合はos.scandirを使って次のような感じでできるそうです。

>>> import os
>>> def scandir(path='.'):
...   for e in os.scandir(path):
...     if e.is_dir():
...       yield from scandir(e.path)
...     else:
...       yield e
...
>>> for e in scandir():
...   print(e.path)
...
./directory/file1.txt
./directory/file2.txt
./file3.txt

シンボリックリンクかどうかのチェックはfollow_symlinksが使えるようです。

e.is_dir(follow_symlinks = False)

リンク

os — Miscellaneous operating system interfaces — Python 3.7.2 documentation
https://docs.python.org/3/library/os.html

Pythonのリストをインデックス付きでforループしたい場合はenumerateを使うと良いそうです。

使い方は次のような感じです。

>>> w = ['Sun', 'Mon','Tue','Wed', 'Thu', 'Fri', 'Sat']
>>> for index, value in enumerate(w):
...   print('w[{}] = {}'.format(index, value))
...
w[0] = Sun
w[1] = Mon
w[2] = Tue
w[3] = Wed
w[4] = Thu
w[5] = Fri
w[6] = Sat