Templateにしたいsvgファイルをdefault.svgなどのファイル名に変更して下記の場所にコピーすると、デフォルトのTemplateが更新されるようです。
$HOME/.config/inkscape/templates%APPDATA%\inkscape\templatesDraw Freely | Inkscape
https://inkscape.org/en/
InkscapeはGUIを備えたSVGの編集アプリケーションですが、-zオプションを使用することでコマンドラインから使用することもできます。
PNGファイルで出力するには-eオプションを使います。-wと-hは横と縦のピクセルサイズです。
$ inkscape -z -e output.png -w 256 -h 256 input.svgちなみに、shellを使ったファイル名の一括リネームで紹介したのと同じ方法を使って、SVGファイルをPNGファイルに一括変換することもできます。
$ for i in *.svg; do inkscape -z -e `basename -s .svg $i`.png -w 256 -h 256 $i; done