viで改行コードはfileformatもしくはffを使って指定することができます。
Windows（DOS）向けのCRLFにして保存する場合は
:set fileformat=dosもしくは
:set ff=dosとします。
同様に、Linux（Unix）向けのLFにして保存する場合は
:set fileformat=unixとします。
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