0000.png, 0001.png, 0002.png, …の連番PNGファイルからアニメーションGIFを作るコマンド

ffmpeg編

$ ffmpeg -framerate 30 -i %04d.png output.gif

convert編（ImageMagick）

$ convert -delay 10 -loop 0 *.png output.gif

-loopは繰り返し数。（0は無限）

リンク

Command-line Options @ ImageMagick
http://www.imagemagick.org/script/command-line-options.php

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