VirtualBoxのゲストとホストの日時（タイマー）はVBoxInternal/Devices/VMMDev/0/Config/GetHostTimeDisabledの設定を追加すると同期を無効にできるみたいです。

日時同期を無効にしたい仮想マシンに対応する.vboxの<ExtraData>タグの中に下記の内容を追加してみてください。

<ExtraDataItem name="VBoxInternal/Devices/VMMDev/0/Config/GetHostTimeDisabled" value="1"/>

仮想マシンのファイルはデフォルトでは以下の場所に保存されています。

Windowsホストの場合

%HOMEPATH%\.VirtualBox

Linuxホストの場合

$HOME/.VirtualBox

リンク

Set date and time on virtual machine independent of host machine | Open Data
http://data.agaric.com/set-date-and-time-virtual-machine-independent-host-machine