Unity2Dでドット絵ゲームを作る時、いろいろな方法があると思いますが、個人的に使っているおすすめの設定は次のような感じです。（随時更新）
新規プロジェクトの作成
新規プロジェクトを作成する時の2D/3Dは2Dの方を選んでおくのが無難かと思います。
（3Dの方を選んでも2Dドット絵ゲームは作れますが、カメラ設定などの初期値が2D向きの設定になっているので便利です。）
Camera
ProjectionとOrthographicSize
カメラ設定のProjectionはOrthographicにします。
Size（orthographicSize）はゲーム画面の縦サイズの半分の値にします。（ゲーム画面が1920×1080ならorthographicSizeは540になります。）
ちなみに、画面サイズの4分の1にした場合は2倍に拡大表示される形になります。
Sprite
Pixel Per Unitの値は基本的にデフォルトの100で問題ないと思います。
ただ、ドットに合わせて座標を指定する時に0.12のような小数点表示になるのが嫌な場合は、Pixel Per Unitを1にすれば座標が整数値で表示できるようになります。（100倍の値になります。）
Filter ModeはPoint (no filter)に設定するとピクセルの境界がはっきりします。はっきりさせたくない（なめらかに表示したい）場合は、BilinerかTrilinerを選びます。
リンク
Unity – Scripting API: Camera.orthographicSize
https://docs.unity3d.com/ScriptReference/Camera-orthographicSize.html
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